Чтобы рассчитать экологический сбор, нужно умножить ставку экологического сбора на массу выпущенного в обращение на территории Российской Федерации товара, который реализован для внутреннего потребления на территории Российской Федерации за календарный год, предшествующий отчетному периоду, то есть на количество единиц товара в зависимости от вида товара либо на массу выпущенной в обращение на территории Российской Федерации упаковки товара, реализованной для внутреннего потребления на территории Российской Федерации за календарный год, предшествующий отчетному периоду, и на норматив утилизации, установленный на отчетный период и выраженный в относительных единицах.

Администратором экологического сбора являются Федеральная служба по надзору в сфере природопользования (Росприроднадзор) и территориальные органы Росприроднадзора по месту государственной регистрации плательщика.
Администратор экологического сбора осуществляет контроль за правильностью исчисления суммы экологического сбора, полнотой и своевременностью его внесения с учетом информации, имеющейся в распоряжении администратора экологического сбора и (или) полученной им в установленном порядке при декларировании товаров и упаковки товаров, при представлении отчетности о выполнении нормативов утилизации и при проведении контроля выполнения установленных нормативов утилизации, а также федерального государственного экологического надзора. Если при осуществлении контроля за правильностью исчисления суммы экологического сбора, полнотой
и своевременностью его внесения в расчете суммы экологического сбора выявлены ошибки или противоречия (несоответствия), либо выявлено несоответствие сведений, представленных плательщиком, либо установлен факт невнесения, внесения не в полном объеме или несвоевременного внесения экологического сбора, то тогда администратор экологического сбора составляет акт проведения контроля за правильностью исчисления суммы экологического сбора, полнотой и своевременностью его внесения. Форма акта проведения контроля утверждается Федеральной службой по надзору в сфере природопользования.

В акте контроля указываются:
а) факты ошибок, допущенных при выполнении расчетов, и противоречий (несоответствий) между сведениями, содержащимися в расчете суммы экологического сбора, и информацией, имеющейся в распоряжении администратора экологического сбора и (или) полученной им
в установленном порядке при декларировании товаров и упаковки товаров, при представлении отчетности о нормативах и при проведении контроля выполнения установленных нормативов утилизации, а также федерального государственного экологического надзора;
б) факты невнесения, внесения не в полном объеме или несвоевременного внесения экологического сбора;
в) факт завышения размера исчисленного и (или) уплаченного экологического сбора;
г) требование о представлении администратору экологического сбора в течение 10 рабочих дней
со дня получения такого требования обоснованных пояснений, касающихся расчета суммы экологического сбора, и (или) внесения в него исправлений для устранения фактов, указанных
в подпункте «а» настоящего пункта, путем внесения изменений в расчет суммы экологического сбора, которые повторно направляются администратору экологического сбора, и (или) погашения задолженности по экологическому сбору в случае выявления фактов, указанных в подпункте «б» настоящего пункта. Сам акт направляется посредством телекоммуникационных сетей или на бумажном носителе с уведомлением (в зависимости от того, в какой форме представляется отчетность плательщиком) в течение 3 рабочих дней после подписания.
Несогласие с актом контроля.
В случае несогласия с требованием, указанным в акте контроля, плательщик в течение 10 рабочих дней со дня получения такого требования направляет администратору экологического сбора копии документов, подтверждающих обоснованность расчета суммы экологического сбора, уплату экологического сбора, а также пояснения о причинах несоответствия сведений, представленных плательщиком.

Если администратор не удовлетворен пояснениями от плательщика, то он вправе обратиться
в суд для взыскания экологического сбора. Также администратор направляет дело в суд в случае невнесения или внесения не в полном объеме экологического сбора и (или) непредставления расчета суммы экологического сбора плательщиком в установленные сроки.